Tout Etat qui se veut démocratique comporte trois pouvoirs le pouvoir exécutif, le pouvoir législatif et le pouvoir judicaire. Le législateur burundais a laissé au Chef de l'Etat le droit de s'immiscer dans le fonctionnement du pouvoir judiciaire ce qui compromet le principe de la séparation des pouvoirs. Cette intervention est perçue comme une entrave à l'independance de la magislature.

La Constitution de la République du Burundi consacre le principe de la séparation des pouvoirs préconisé par montsquieu. Le pouvoir exécutif est conflié au Président de la République, aux Vice-Présent de la République et aux membres du gouvernement. Le pouvoir législatif est exercé par le parlement et le pouvoir judiciaire revient aux juges.

Pour que l'independance de la magislature soit assurée, elle doit être fondée non seulement sur des garanties statutaires et matérielles mais aussi sur des garanties personnelles du magistrat.

La nomination des magislats est un pouvoir reconnu au chef de l'Etat. S'il l'exerce pour question de la légitimité étatique, il ne compromet en rien l'independance de la magislature. Ceci suppose que les magislats nommés aient été recrutés selon les critères objectifs. La présidence du Conseil Supéreur de la Magislature par le Chef de l'Etat est un autre aspect de son intervention dans la fonction juridictionnelle. Il est placé à la tête de l'ogane suprême de la magistrature burundaise. Elle a un impact sur l'independance de la magislature. Le pouvoir de grâce du Chef de l'Etat est en contradiction avec le principe de la séparation des pouvoirs car il contrarie les décisions judiciaires. Cependant, il doit continuer à être appliqué pour des raisons humanitaires en réduisant la population carcérale des établissements pénitentiaires burundais.