La rivière Kanyosha est située dans la mairie de Bujumbura et se jette dans le lac Tanganyika. Notre étud a été faite aux mois de juin, août et septembre 2013 et a porté sur quatre stations situées entre les quartiers Kamesa-Busoro et le lac Tanganyika, dans des localités très habitées. L'étude morphométrique a permis d'estimer sa profondeur qui variait entre 7 et 14 cm. Des mesures de vitesse ont montré que cette dernière était comprise entre 0,7 et 2,5 m/s ; la température meurée l'aide d'un thermonètre à mercure variait de 21,7 à 26°C ; le pH était légérment acide à neutre (6,43-7,64) et les eaux étaient faiblement minéralisées (conductivité électrique allant de 61,9 à 169µ/cm). La flore diatomique observée dans 21 échantillons comprend 45 espèces réparties en 7 familles (Fragilariaceae, Eunotiaceae, Achnanthaceae, Navicolaceae, Nitzschiaceae, Epithemiaceae et Surirellaceae) et 17 genres de la sous-classe des Pennatophycideae (Fragilaria, Eunotia, Achnanthes, Caccaneis, Cymbella, Frustuhocymbella, Gomphonema, Gyrosiama, Navicula, Neidim, Pinnularia, Stauroneis, Hantzschia, Nitzschia, Rhopolodia et Surirello). La famille des Naviculaceae est dominante, constribuant pour 55,6% de la flore stotale, suivie par la famille des Eunostiaceae qui est repésentée à 13,3%. Le nombre d'espèces varie d'une station à une autre (2-21) et au sein d'une même station, des différences s'observent au niveau du type de substrat et de la période de préèvement. Vingt six espèces ont été observées dans nos comptages à partir de 6 échantillons, avec une présence absolue variant de 1 à 6. Les échantillons contiennent de 11 à 15 espèces chacun. Les échantillons qui sont riches en espèces proviennent des substrats rocheux et sableux et ont été récoltés au mois de juin et août 2013. Les espèces constantes sont Naviculo cryptotenella, Gamphonema parvulum, G. gracile, Fragilaria ulna et Cymbella minuta. Les genres représentés par beaucoup de frustules sont : Gamphanema (45,5%), Navicula (36,%), Fragilaria (10,7%) et Nitzschia (5,5%). Gomphonema parvulum est une esppèce constante dominante et Navicula cryptotenella une espèce constante codominante. Trois groupes écologiques ont été identifiés : le groupe à Gomphonema parvulum et G. gracile, le groupe à Gomphonema parvulum et Navicula cincto et le groupe à Navicula cryptotenella, G. Parvulum et Novicula viridula var. rostellota.